Es kann sein, dass bei der Untersuchung Polypen – in der Regel gutartige Wucherungen der Schleimhäute – entdeckt werden. Diese verursachen meist keine Beschwerden. Sie können aber bluten und in seltenen Fällen bösartig werden. Deshalb werden diese, wenn möglich, gleich bei der Untersuchung entfernt und im Anschluss untersucht.
Auch wenn Blutungsquellen gefunden werden, können diese direkt über das Endoskop gestillt werden.